박수현 대변인은 이날 오후 박 본부장 인사배경 관련 브리핑을 통해 "박 본부장은 참여정부 때 과기 부총리제와 과기혁신본부 신설 구상을 주도한 주역 중 한 명이다. 그래서 그의 과가 적지 않지만 과기혁신본부에 적임이라고 판단했다"고 말했다.

이어 "뿐만 아니라 과기혁신본부장은 그가 오래 전에 했던 과기본부장과 같은 급의 직책이고 더 나은 자리도 아니라는 점을 또 고려했다"며 "그를 임명한 이러한 취지에 대해서 널리 이해를 구하며, 이에 대한 과학기술계의 의견을 경청하겠다"고 덧붙였다.

또 박 대변인은 황우석 사태 책임문제와 관련 "박 본부장은 황우석 교수 사건 당시 과기보좌관이었기 때문에 그 사건에 대한 무거운 책임이 있다. 그리고 그 책임을 지고 과기보좌관직에서 물러난 바도 있다"며 "하지만 우리나라의 IT 분야와 과학기술 분야의 국가경쟁력은 참여정부 시절 가장 높았다. 그 점에서 박기영 과학기술보좌관은 공도 있었다. 그의 과와 함께 공도 평가 받아야 한다"고 주장했다.

또 과학기술본부의 역할과 관련 "새 정부가 신설한 과기혁신본부는 참여정부 후반에 과기부에 설치했던 과기혁신본부가 그 모델"이라며 "그때 참여정부는 과학기술 분야의 R&D 예산 배분이 경제 부처로부터 독립하여 과기계 중심, 연구자 중심으로 이루어져야 한다는 판단으로 과기부 장관을 부총리로 격상하면서 과기혁신본부를 신설했다"고 말했다.

그러면서 "그러나 이것이 제대로 정착하지 못한 가운데 정권이 바뀌고 폐지됐기 때문에 과기혁신본부의 위상과 역할, 기능은 아직 충분히 정립되지 않았고 운영의 경험도 일천하다"며 "게다가 지금은 과학기술정보통신부 장관이 부총리의 위상을 가지고 있지도 않기 때문에 과기혁신본부가 충분한 위상과 힘을 가지고 역할을 다하게 하는 것은 새 정부의 큰 과제 중 하나"라고 강조했다.

청와대의 이러한 설명은 참여정부 시절 과학혁신본부를 만들고 역할을 하도록 하는데 기여한 박 본부장의 역할과 경험을 높이 사야 하는 현실을 들며 국민들의 이해를 구하려는 것으로 풀이된다.

나아가 박 대변인은 "새 정부는 촛불민심의 구현이라는 국정목표를 실천함에 있어 참여정부의 경험, 특히 실패의 경험에 대한 성찰을 소중한 교훈으로 삼고 있다"며 "참여정부에 비판적이었던 분들뿐만 아니라 참여정부에 종사했던 분들도 실패의 경험에 대한 성찰을 함께할 수 있다면 새 정부에서 같이 일할 수 있다고 생각한다"고 말했다.